El entonces sacerdote inicia su propio apostolado en la parroquia latina de San José, en el barrio de Zamalek en el Cairo, capital de Egipto, donde permanece con el cargo de párroco hasta 1977. Por 3 años, hasta 1980 estudia en el Pontificio instituto oriental en Roma, luego en 1981 vuelve a Egipto como docente en el Instituto de teología en el Cairo y como superior provincial de los combonianos. Desde 1990 a 1997 la paréntesis en Sudán, luego vuelve a Roma y en el año 2000 dirige el centro de estudios árabes e islámicos en el Cairo, además de ejercitar la profesión de docente.
Gran estudioso y experto del mundo musulmán, él publicó diversos libros e investigaciones también en lengua árabe, entre los cuales una “Historia de la Iglesia” desde los orígenes al S. XV, con una particular atención al contexto árabe y a las Iglesias orientales. El 14 de julio de 2002 el entonces pontífice Benedicto XVI lo nombra vicario apostólico de Kuwait; el 31 de mayo Mons. Ballin (que elige como lema “In Verbo tuo”) se convierte en vicario apostólico de Arabia septentrional donde continúa la obra de encuentro y diálogo con personalidades musulmanas y favoreciendo el crecimiento de las comunidades cristianas.
En ocasión de la visita del Papa Francisco en los Emiratos, la primera en el Golfo, Mons. Ballin había subrayado que ella podía ser “fuente de aliento” para los cristianos de la región, aún frente a algunas criticidades. Él intervino durante el período de máxima tensión entre Arabia Saudita y Qatar, que involucró también a los católicos de la región y elogió en varias ocasiones a la “joven y activa” comunidad local “al servicio de familias divididos y lejanas”. La nueva catedral en Bahrein es el último regalo a los cristianos de la región, “corazón de la comunidad católica de Arabia”