No siempre fue así. Antes de la masiva retirada de españoles de suelo marroquí
Tras la cesión de Ifni a Marruecos en 1969, la prefectura cambia de nombre para denominarse prefectura del Sahara Español el 2 de mayo de 1970. Durante esta época se da la mayor presencia del catolicismo en el Sahara Occidental, en virtud de la gran cantidad de españoles que se asientan en el territorio. En 1969, última fecha en la que se dispone de datos antes del abandono del territorio por España, había 22.512 católicos (un tercio de la población del territorio) y cinco parroquias. El abandono del Sahara Occidental por parte de España tras la firma de los acuerdos de Madrid supuso un cambio drástico en la vida de la prefectura. En 1978 apenas quedaban unos trescientos católicos, con dos parroquias. Estas cifras se han ido reduciendo aún más para encontrarse en la actualidad en cifras testimoniales (En 2006, 30 católicos residentes, mas unos 120 miembros de la MINURSO). Los sacerdotes católicos de la prefectura (dos) pertenecen a la Misioneros Oblatos de María Inmaculada y se encuentran de forma permanente en El Aaiún, desplazándose a Villa Cisneros una vez al mes, para la atención de la parroquia que allí se encuentra.On 05 November, the bishop of Yola diocese (Stephen Mamza) showed the IDP camp "Salama Housing" to the team of ACN. It is run by the diocese and has a school, a hospital, a church and mosque. In addition, 85 houses were built by the diocese in 2019. The children in the picture go to school of Salama housing. In the middle is Bishop Stephen Mamza who initiated the construction of the camp, and a teacher is situated on the left side of the picture.